1、贯彻党和政府的卫生工作方针政策，制订全市卫生事业发展规划、区域卫生规划、对人群健康危害疾病的防治规划、社区卫生服务规划，通过行政手段调控卫生资源，实施医疗卫生机构、卫生技术、人员、设备准入，实行卫生全行业管理。

2、全面履行卫生执法职能；依法监督管理全市传染病防治和食品、劳动、环境、放射、化妆品、学校卫生及医疗机构、母婴保健、血源管理工作。 

3、贯彻预防为主方针，开展全面健康教育；组织对重大疾病的综合防治；组织调度全市卫生技术力量，紧急处置全市重大灾情、疫情、突发事件。 

4、指导、监督和管理全市社区卫生服务、农村卫生服务、初级卫生保健、妇幼保健工作；实施母婴保健专项技术服务。与计划生育部门密切配合，根据各自职责，围绕生育、节育、不育共同做好计划生育技术服务和生殖保健服务。

5、贯彻中西医并重方针，负责中医药的继承、创新及中西医结合工作。制订全市卫生科技和教育发展规划，并组织实施。制订全市医疗卫生改革、职业道德规范、职称评定等工作的实施意见，并抓好落实。

6、承担市爱国卫生运动委员会、市红十字会、市地方病防治领导小组、市献血领导小组、市干部保健委员会、市医疗事故鉴定委员会、市性病艾滋病防治协调小组、市眼牙病领导小组的日常工作。

7、管理市本级卫生事业单位，监管市本级卫生系统的国有资产；管理市本级卫生系统的干部；做好市本级卫生系统的财务管理工作。

8、直接承担金华市区建成区范围内疾病控制、卫生监督执法、妇幼保健工作。

9、抓好本系统的精神文明建设和党的建设工作。

10、承办市委、市政府交办的其他事项。